11月22日，2025中国足球超级联赛最后一轮比赛中，云南玉昆1∶1客场战平河南队，以11胜9平10负积42分积分榜第8名的成绩完成了球队的首个中超赛季。同时，球队完成了艰苦的联赛足协杯双线作战赛程，跻身足协杯四强。2025年，云南玉昆既经历了连胜带来的喜悦，也走出了连败带来的阴霾，在比赛和运营方面都作了有益的尝试，并取得了突破。2026年，球队在各方面的经验会更加丰富。